但是服装代理商与总部之间，由于利益冲突或者其它的原因，往往又容易出现矛盾纠纷，就拿服装加盟代理来说，很多加盟商不按照总部的要求和规范，作出一些损害总部利益的事情，比如说擅自降价销售、不配合总部作出相应的宣传促销活动。而总部有些制度和规定也让加盟商非常为难不易执行，或者说总部能提供的利润空间太小，让加盟商为了生存不得不违背总部的决定。
一般来说，代理商与总部之间容易出现以下纠纷：代理商对总部提供的"行销支援与辅导"不满意、对总部提供之"商品的价格"不满意、对总部的"政策配合度及执行力"很低、对每月的营业额并不满意、与总部之间对于"商品采购限制不得自行进货"的争议、对于总部的举办和促销活动不愿配合、与总部之间对于"商圈保障范围"的看法有分、对于总部举办的"教育培训"不配合、对"每月上缴的权益金与管理费用"有争议、不能每月按时缴交货款等等。