1998年国务院发布《关于深化棉花流通体制改革的决定》及2001年国务院《进一步深化棉花流通体制改革》文件的出台，先后明确了放开棉花收购，打破垄断经营，棉花储备与经营分开，国内棉花收购销售价格由市场形成，国家不再统一定价，标志着中国棉花计划经济时代的结束，国内棉花价格真正由市场形成的开始。

       2003年度，国家除发放当初加入WTO承诺的85.6万吨进口配额外，还追加了关税之外150万吨进口棉配额，关税为1%，这意味着中国棉花价格开始与国际棉价联动接轨。

       棉花价格形成机制的市场化与国际化是必然发展趋势，我国棉花体制改革已经取得了重大成果，但某些关键环节仍有待突破，例如如何稳定国内棉花生产等等。 

       中国耕地面积有限且存在较严重的粮棉争地矛盾，棉价的大起大落、自然气候的影响、中国棉花生产者多而散的特点和种植的完全自主性，致使国内植棉面积、产量波动较大，这对中国棉花产业的稳定发展极为不利。从目前国情来看，棉花种植面积稳定在8000万亩以上较适宜，再通过单产和品质的提高，将国内棉花总产量稳定在800万~900万吨，加上部分进口，基本满足国内棉花用量。

       有关专家在接受记者采访时谈到，解决棉花种植面积稳定最根本、最有效的措施就是政府实行最低收购保护价制度。最低保护价要参考粮棉比价和棉花与其他商品的比价、国内外棉花供求状况、棉花生产成本、劳动力价格等因素，但到现在仍然没有结果。他们建议，可以仿效农产品补贴政策实施得较好的国家，实行一些补贴。当然，补贴政策一提出来就会遭到很多人反对，反对的理由就是，加入WTO后，进行补贴有悖WTO的规定和全球经济一体发展趋势。但是，补贴政策的实施与否最终取决于是否符合本国的利益，而不是取决于符合某个游戏规则，所以，在号称市场化程度最高的美国，政府在棉花生产上对农民实施的补贴至少有三种以上。

       同时，通过国家有效手段，科学调节进口棉数量，稳定中国棉花市场非常重要。中国加入WTO时承诺每年进口89.4万吨1%关税的棉花，现在中国棉花缺口已经远远超过这个数量，每年国家都增发1%关税外的棉花进口配额，增发部分实行滑准税率，按5%~40%的税率进行滑动征税，基准价11397元/吨，2008年度超过此基准价的按固定税率计算，加收570元/吨。

       增发的配额数量主要由国家发改委根据本年度国内供需缺口大小而定，但这里一个很关键的问题是对国内产量与用量的统计数据不准，从而造成多发或少发。所以，准确掌握产量和用量，对于做好增发配额的调控格外重要。

       对此，纺织企业呼吁，国家应考虑取消棉花进口配额，放开进口，保证纺织企业对优质棉的需求得到满足。如果进口配额制一时不能取消，企业则建议，税外配额的发放能否根据国内市场供求状况发放，数量上可以适当放宽，配额的使用有效期可以适当延长。这样便于各类主体在不同时期，可以根据市场的变化灵活把握进口时机，还可以避免因国内配额的集中发放，给国外基金与棉商哄抬炒作棉价留下可乘之机。