争议李庄案
"打黑"为王立军带来辉煌的同时，对其质疑的声音也如影随形，尤其在重庆警方以涉嫌伪证罪抓捕北京律师李庄后达到顶峰。
不少法学界人士和社会精英批评重庆警方在王立军执掌之下，容不得辩护律师对办案质量发表不同见解；且重庆"打黑"有"黑打"之嫌，妨害中国脆弱的法治生态。
李庄案由重庆"打黑"衍生。2009年12月10日，重庆市公安局以李庄在代理重庆龚刚模涉黑案中涉嫌伪证犯罪为由，对其立案侦查。12月12日，李庄被重庆警方羁押，2010年2月9日终审，以"辩护人伪造证据、妨害作证罪"被判处有期徒刑一年。时至2011年4月，李庄出狱前夕，其又被再次以漏罪为由被起诉。但检察院最终撤诉，不了了之。
2011年6月11日李庄出狱，当年12月12日，他向法院提起诉讼，控告《中国青年报》在2009年发表文章的"重庆打黑惊爆'律师造假门'"侵犯其名誉权。但该案未被法院受理，不了了之。
当公众以为李庄案已尘埃落定的时候，2012年初波澜再起。2月7日上午，李庄过去的助手马晓军及马的妻子韩会娟，分别在重庆状告警方涉嫌非法限制其人身自由。除就人身自由受限提出赔偿要求，马晓军还要求重庆警方赔偿20万元经济损失，理由是警方行为导致其至今无法从事律师工作。
马晓军曾跟随李庄到重庆参与"打黑"案的辩护，时任李庄的律师助理。李庄被重庆警方拘捕后，马晓军就一直没有公开露面。但在李庄案的各种法律活动中，他一直具有双重身份--首先是李庄案的同案嫌疑人，李庄和马晓军共计三次前往看守所会见龚刚模，重庆警方认为，马晓军也参与了教唆翻供的活动；此外，马晓军又是李庄案中控辩双方争取的证人。李庄案开庭前，李庄的辩护律师曾向法院申请马出庭作证，但法庭回复说，马本人不愿意。
马晓军在2012年2月7日提交法院的起诉状中则称，从2010年1月9日到2月11日，他因李庄案被监视居住，地点设在重庆市江北区一栋住宅内。他签订了租房合同，出具了不愿意出庭作证的声明，并书面请求重庆警方保护，而这一切都是在警方强迫下完成的。一个细节是：马晓军说他在警方强迫下外出逛街、吃饭、看电影，而整个过程中，警员同时以摄像形式表明他当时是"自由"的。
马晓军妻子韩会娟的起诉状中，她称，她也被警方强迫写下书面声明，即自愿陪同马晓军接受监视居住。
马晓军夫妇起诉前一周，王立军刚于2月2日被重庆官方宣布卸任重庆市公安局局长职务，不再分管警方事务。
双面王立军
有接近王立军的人士称，王立军作风"严厉"甚至"霸道"，比如王经常半夜给各派出所值班室打电话，如果没人接，第二天那个所长就会被叫去"收拾"。从他任职到现在，不少警察被停职、反省，甚至刑拘。"他做事雷厉风行，而且态度强硬，是一个不按规矩出牌的人。"一位重庆警方人士称。
王立军治下也以铁腕著称。2010年3月，新一轮重庆公安系统机构改革展开。内部文件要求，重庆市公安局所有处室、各个分局、交巡警支队以及所辖区县各分局派出所，从副科到副局级的所有领导干部全部"就地免职，重新竞聘上岗"。所涉范围之广、力度之大，开全国先河。
经王立军力主，重庆成立"交巡警合一"队伍。根据其设想，"交巡警合一"模式实现后，市民遇到突发状况，可直接到这些平台报警。这些平台就设立在街面上，每个平台配置巡逻车和摩托车数辆。平台含有笔记本电脑、指纹采集系统、防弹头盔防弹衣数套，另有测速仪、酒精测试仪等装备。生活设施方面，平台包括饮水机、冰箱、微波炉、办公桌以及空调，方便交巡警24小时执勤。
但技术设备进步，似乎并没有减少警员的工作量。据称，重庆分各（县）局、处级以上的领导干部每周都得工作五天以上，每天工作14个小时。
一些警察因为各种原因离开了队伍。一位正科级警员曾向财新《新世纪》记者抱怨说，自从由局机关调入交巡警，虽然级别待遇不变，却天天去平台执勤。平台上的事务很繁琐，岁数大的警察受不了。例如，一个交巡警中队含30个人的编制，但是排除那些上了年龄的警察，能够胜任的也就20名左右。原本四班轮换的体制不得不变成三班轮换，"警察身体上受不了，警察家属也受不了。"
还有一些警察私下抱怨：不注意个人形象也有可能影响前途。在办公室或者走廊使用移动电话，在饭堂吃饭时大声喧哗，走进局大门的时候挎包没有提在手上而是挂在肩膀上，甚至看到王立军没有打招呼，都有可能被下派基层。
不过，王立军的这套做法倒是博得重庆市民好感。至今仍有众多重庆人士在微博上反映，马路上看到交巡警平台，心里特别有安全感。
事实上，王立军也经常表现出儒雅的一面。他对书法、美术、音乐等方面都有爱好。知情人士称，在王主政五年多的锦州市公安局，在一楼曾经设置有一面背景墙，党委班子成员每人写一个"法"字镶在上面，大家都说王立军的"法"字写得最好。重庆本土一位长期跑公安条线的记者亦称，王立军的字写得"很有美感"，他在给别人递上名片时，会掏出笔来在名片上写上"赠某某"。
2011年3月全国"两会"期间，王立军在接受媒体采访时曾自曝，他经常扮成出租车司机，开着正规牌照的出租车出去察看，还经常到街上找老百姓聊天，以了解重庆民情。
2011年5月27日，重庆官方消息称，王立军全票当选副市长。但据知情人士向财新《新世纪》记者透露，实际上，投票第一轮出现了弃权票，最终经过反复数轮投票方才出现全票通过结果。
但也正是晋升副市长到达个人巅峰之后，王立军政坛人生迎来变数。
